臺灣“總統(tǒng)府”發(fā)言人9日轉(zhuǎn)述稱，馬英九對此案高度重視，指示“外交部”向菲國表達(dá)嚴(yán)正關(guān)切，要求菲方必須立即查明真相，將兇手繩之于法。他同時指示“海巡署”派往戒護(hù)的臺南艦要全力營救，確保其他船員的安全。臺灣“外交部” 9日稱，接到事發(fā)電話后立即通過電話要求駐菲律賓代表處趕緊與菲律賓相關(guān)部門接觸查明該事件，同時約見菲律賓駐臺灣副代表卡羅-基諾，當(dāng)面表示“嚴(yán)重關(guān)切”。事發(fā)后，臺灣“海巡署”派出南巡隊臺南艦前往戒護(hù)。同樣在附近海域的“軍明只21”號漁船前往拖救，預(yù)計10日返回東港。

中國外交部發(fā)言人華春瑩9日晚單獨就此事表態(tài)稱，中方對此表示嚴(yán)重關(guān)切，我們對開槍射殺臺灣漁民的野蠻行徑表示強(qiáng)烈譴責(zé)。中方要求菲方立即進(jìn)行調(diào)查，并盡快作出說明。我們對遇害的臺灣同胞表示深切哀悼，對家屬表示慰問。國務(wù)院臺辦發(fā)言人楊毅9日晚也表示，要求菲方盡快徹查，給受害漁民一個交代。

9日晚，當(dāng)菲律賓外交部發(fā)言人接到《環(huán)球時報》記者電話時，表示并不知道此事。應(yīng)其要求半小時后記者再次致電時，他回應(yīng)說，由于沒能聯(lián)絡(luò)上負(fù)責(zé)相關(guān)事務(wù)的軍方人士，所以沒法確認(rèn)該事件，也沒法發(fā)表評論。他10日才能了解此事的詳細(xì)情況。

蔡寶興告訴《環(huán)球時報》記者，在黑鮪魚季的時候，臺灣漁船經(jīng)常和菲律賓發(fā)生沖突，幾乎每年都有，不是被扣，就是被驅(qū)趕，或者對方機(jī)槍掃射把臺灣漁船打壞，有幾次都打死了人，“這種事情很平常”。

漁業(yè)算得上是臺灣的一大產(chǎn)業(yè)，不論是養(yǎng)殖漁業(yè)、近海和遠(yuǎn)洋漁業(yè)都很發(fā)達(dá)，臺灣漁船的遠(yuǎn)洋漁船隊伍不但遍布全世界，在東南亞到東北亞的所有近海、太平洋漁區(qū)都可以看到。一名臺灣媒體人士對《環(huán)球時報》記者說，臺灣漁民海上遇難的例子甚多，這是因為臺灣固然海上軍力甚強(qiáng)，整體軍力在東南亞也僅次于越南的陸軍，但臺灣因為“邦交國”甚少，國際間根本沒有發(fā)言的力量與立場，以往面對周邊的海洋鄰居如日本、菲律賓、印度尼西亞、越南等國家時，都無法與各國的政府直接對談，所以無法為漁民遭遇爭取權(quán)益，事件經(jīng)常以“為不明船只所害”收場。